L'istituto è stato fondato, su iniziativa della Giunta provinciale di Bolzano, nel 1992. Da allora le attività svolte al suo interno si sono moltiplicate e diversificate. Alla sua nascita l'EURAC contava solo dodici collaboratori e tre aree di ricerca: Lingua e diritto, Minoranze e autonomie regionali e Ambiente alpino.

La prima sede in via Weggenstein

Già a partire dal 1993 l'organico aumentò e seguì il primo di importanti progetti: uno studio di fattibilità per la creazione a Bolzano di un'università, divenuta nel 1997 Libera Università di Bolzano.

Altre ricerche di spessore hanno accompagnato lo sviluppo dell'EURAC: la scuola superiore per il turismo alpino (oggi Corso di laurea in management del turismo a Brunico) e l'Accademia di Design (oggi Facoltà di Design e Arti) furono concepite nella prima sede di via Weggenstein 12, già casa dei cavalieri dell'ordine teutonico.
Presto, nel 1995, fu fondata la quarta area Management e cultura d'impresa, affiancata nel 2002 anche dall'area Medicina genetica.

Fu chiaro già dai primi anni di attività che l'istituto era destinato ad una rapida crescita di iniziative e di personale. Alla fine degli anni Novanta si contavano oramai 75 collaboratori, impegnati in numerosi progetti nazionali ed internazionali, in Germania, Austria, Bosnia-Erzegovina e Tibet.

Gli uffici in piazza Duomo

Per questo, dal 1996 fino al 2001, i collaboratori rimasero separati in due sedi distinte: le aree Ambiente alpino e Management e cultura d'impresa, la direzione e l'Area servizi si trasferirono nei locali di Piazza Duomo 3, mentre le restanti sezioni rimasero in via Weggenstein.

Il ricongiungimento avvenne solo nel 2001, con l'insediamento nell'edificio restaurato dell'ex-GIL, in viale Druso 1 (vedi  L'edificio).
Oggi l'EURAC può dirsi un grande istituto di ricerca; può avvalersi della collaborazione di oltre un centinaio di persone e gestisce un budget annuo di 8 milioni di euro, di cui circa il 50% viene coperto dalla Provincia Autonoma di Bolzano e la restante parte proviene da fondazioni, programmi di ricerca europei e sovvenzioni nazionali ed internazionali.