In der von institutioneller Komplexität geprägten weltweiten Governance, ist es besonders schwierig die Rechts- und Politikverhältnisse zwischen den verschiedenen „Regierungssphären" auf internationaler, europäischer, nationaler, regionaler und lokale Ebene erfolgreich zu bewältigen. Diese Tendenz zur Sphärenstruktur der vertikalen Kompetenzverteilung spiegelt sich im Akronym „SFeRe" für Föderalismus- und Regionalismusforschung wider.

Die Forschungsschwerpunkte am Institut bestehen deshalb hauptsächlich aus wissenschaftlichen Analysen solcher Prozesse, um Lösungsvorschläge für die bessere Verwaltung von institutionellen Pluralsystemen anzubieten.  
Die wichtigsten Tätigkeiten sind:

- Föderalismus und Regionalismus: die Veröffentlichung von Forschungsergebnissen
Das Ziel dieser Tätigkeit ist einerseits die Publikation von Büchern und Monographien, andererseits die Organisation von Konferenzen und Seminaren für das wissenschaftliche und politische Fachpublikum so wie für die allgemeine Öffentlichkeit.

- Föderalismus und Regionalismus: wie soll man damit umgehen?
Das Ziel des Instituts ist es, Regionalpolitiken und Verfahrensweisen rechtsvergleichend zu analysieren und dadurch Best Practices dezentralisierender Regierungsprozesse hervorzuheben.
Die Ziele dieser Tätigkeit sind ein gründliches Verständnis der institutionellen Komplexität, die Suche nach praktischen Lösungsvorschlägen und das Anbieten von beratenden Dienstleistungen.

- Föderalismus und Regionalismus: ein Mittel zur Lösung von ethnischen Konflikten
Das Institut bemüht sich, durch Veröffentlichungen, Seminare und Studien Antworten und Lösungsvorschläge für ethnische Konflikte in verschiedenen geographischen Regionen zu geben, indem das Institut klassische Föderalismustheorien mit dem modernen Ansatz des territorialen und ethnischen Vielfalt-Management kombiniert. Diese Tätigkeiten bieten die Gelegenheit für eine vertiefte Zusammenarbeit mit dem Institut für Minderheitenrecht.

- Föderalismus und Regionalismus: das Fallbeispiel Südtirol
Ein gutes Beispiel zur Veranschaulichung aller bisher genannten Elemente ist die Autonome Provinz Südtirol. Die Lage der EURAC innerhalb dieser Provinz erlaubt dem Institut ein privilegierter Beobachter der bewährten Südtiroler Autonomie zu sein und sich zu einem Bezugspunkt mit Experten im Gebiet des asymmetrischen Föderalismus und der Good Governance herauszukristallisieren.

Einige laufende Projekte sind:
 European Diversity and Autonomy Papers (EDAP)
 Handbook on Comparative Federalism
 Master in Europäischer Integration und Regionalismus
 Handbook on Self-Government and Group Rights: the Autonomy of South Tyrol
 Observatorium der Südtiroler Autonomie
 Zusammenarbeit mit dem Expertennetzwerk EZFF für die Organisation von Konferenzen und die jährliche Veröffentlichung des „Jahrbuch für Föderalismus", Europäisches Zentrum für Föderalismusforschung (EZFF), Tübingen
 Schwerpunkt Balkanforschung, u.a. internationale Konferenz "13 Jahre nach Dayton - Zukunftsüerspektiven für Srebrenica und Bosnien Herzegowina", Mai 2008