EPICIR

Epigenetica dell'immunità nel cancro

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EPICIR
  • Project duration: September 2019 - December 2022
  • Project status:
    Approval by the Scientific Committee
  • Funding:
    Italy-Austria 2014-2020 (EUTC / EU funding / Project)
  • Total project budget: 288.625,00 €


I tumori sono caratterizzati da una crescita cellulare incontrollata che può diffondersi e attaccare tessuti e organi sani. La causa è ereditaria solo nel 5-10 per cento dei casi, molto più spesso è legata a fattori esterni come il consumo di tabacco, l'alimentazione, l'esposizione a infezioni o radiazioni. Prevalentemente questi fattori non modificano la struttura dei geni, ma possono influenzare la loro espressione, ovvero il modo in cui la sequenza del DNA viene letta dalle cellule. Queste modifiche sono dette cambiamenti epigenetici e impediscono al sistema immunitario di riconoscere le cellule tumorali come tali. Le cellule tumorali "si nascondono" e quindi il sistema immunitario non può più attaccarle.


Tuttavia, alcuni di questi cambiamenti epigenetici sono reversibili. Ed è qui che entra in gioco la ricerca. Con l'aiuto di particolari sostanze – gli inibitori – i ricercatori possono bloccare l'interferenza così da permettere a importanti geni che erano stati disattivati di diventare nuovamente leggibili dalle cellule. Il sistema immunitario sarà quindi in grado di riconoscere di nuovo le cellule degenerate, di attaccarle e rimuoverle.


Il progetto EPIC (Epigenetics of Immunity in Cancer), avviato nel settembre 2019, si concentra sugli inibitori delle HDAC (enzimi dell'istone deacetilasi) indagando quali sono i loro effetti sullo sviluppo del cancro. Il gruppo di ricerca è composto da chimici, medici, biologi e bioinformatici delle Università di Udine, Salisburgo e Trieste e dell'Istituto di biomedicina di Eurac Research, a Bolzano.​​


L'Università di Udine esegue esperimenti su una serie di sostanze per verificare la loro capacità inibitoria sulle HDAC. Nei laboratori triestini, le sostanze più promettenti sono ottimizzate utilizzando modelli informatici ed in seguito sintetizzate. A Salisburgo poi gli inibitori che funzionano meglio sono messi alla prova – attraverso modelli cellulari – considerando il loro effetto sulle cellule tumorali e sul sistema immunitario. I dati raccolti da tutti i partner sono infine inviati ai bioinformatici di Eurac Research per procedere con l'analisi.


Utilizzando metodi di sequenziamento all'avanguardia, i ricercatori di Eurac Research valutano la differenza tra le cellule tumorali con e senza inibitori: analizzano quali geni sono attivi, in quali parti della cellula sono attivi i prodotti dei geni caratterizzati da una modifica epigenetica e gli effetti di queste sostanze sull'organismo umano. I ricercatori confrontano i loro risultati con banche dati internazionali per ottenere ulteriori informazioni sullo sviluppo del tumore. Il progetto di ricerca triennale mira così a creare le basi per nuovi progressi nell'immunoterapia del cancro.

Partner
University of Salzburg
Universitá degli Studi di Trieste
Università degli Studi di Udine

Finanziamento

Questo progetto è finanziato dal fondo ERDF / Interreg V-A Italy-Austria 2014-2020.

News

2021-10-13
EPIC alla fiera di progetti NOI

Avete delle curiosità sul progetto EPIC? Volete saperne di più e parlare con noi? La fiera annuale dei progetti finanziati dal fondo europeo per lo sviluppo regionale, il 22 ottobre, è l'occasione perfetta per incontrarci. Presentiamo EPIC allo stand 13. Ci vediamo lì!

2021-08-10
Il progetto EPIC sarà prorogato

Oggi abbiamo ricevuto l’OK dai nostri finanziatori di Interreg: il progetto EPIC sarà esteso di nove mesi, il nuovo termine sarà il 31 dicembre 2022. Sono ottime notizie e siamo felici di poter recuperare il tempo perso a causa delle chiusure e rallentamenti durante la pandemia.

2021-07-26
Sottomissione del manoscritto

Finalmente abbiamo sottomesso il manoscritto in cui abbiamo comparato la risposta cellulare a diversi inibitori delle HDAC tramite RNA-seq, ChIP-seq e vari saggi chimici. Il lavoro è completo e nella parte finale ci focalizziamo su un piccolo inibitore chiamato NKL54. Abbiamo puntato in alto e sottomesso alla rivista Nucleic Acids Research (NAR). Incrociamo le dita!

2021-07-19
Terzo seminario virtuale tra tutti i partner

Oggi abbiamo avuto il terzo workshop Interreg. I partner di Salisburgo e Udine hanno presentato le loro attività, sfortunatamente il partner di Trieste era assente per malattia. Auguriamo un pronto recupero e attendiamo il prossimo meeting per sapere cosa succede nei laboratori di Trieste. La dottoressa Kerschbamer ha fatto un'elaborata presentazione riassumendo il nostro contributo al manoscritto su RNA-seq e due piccole analisi per il gruppo di immunologia di Salisburgo. La cosa interessante è che le seconde sono derivate dai risultati ottenuti dalla prima: osservazioni provenienti dagli esperimenti di RNA-seq sono translate in possibili esperimenti in laboratorio per la parte di immunologia!

2021-07-09
Annuncio convegno autunno

Stiamo preparando un convegno online aperto a tutti. Si terrà il 5 ottobre alle 14.00. Ci saranno cinque presentazioni in totale. Altre informazioni arriveranno qui sul blog!

2021-05-28
Amministrazione scientifica

La maggior parte delle persone pensa che gli scienziati lavorino al bancone in laboratorio, facendo esperimenti, o siedano davanti al computer lavorando su problemi teorici. Questo è in gran parte vero, ma la scienza ha anche bisogno di un lato amministrativo. Pianificare, coordinare e riferire agli stakeholder sono compiti che sono svolti alla scrivania (di casa). Dato che il progetto EPIC è finanziato da Interreg V-A Italia-Austria, che è uno specifico fondo regionale europeo, c’è un particolare interesse nelle nostre attività dal punto di vista dell’agenzia finanziatrice. Il progetto sta progredendo come descritto nel programma? I vari partner collaborano produttivamente? Come sono spesi i fondi? Ogni sei mesi tutti i partner consegnano i loro resoconti (coordinati dal partner principale ad Udine) ai loro uffici regionali dell’agenzia finanziatrice perchè siano valutati. Esattamente questo è quello che sta succedendo ora alla fine di maggio: stiamo descrivendo formalmente i progressi che abbiamo fatto nel nostro progetto EPIC.

2021-05-18
Auguri, Emanuela!

Oggi è un giorno speciale: Dott.ssa Kerschbamer è entrata nel progetto esattamente un anno fa!

2021-02-04/02-23/04-01/04-16
Meeting online con i collaboratori di Udine

È arrivato il momento di scrivere un articolo. Abbiamo già avuto una serie di incontri con il gruppo di Udine, leader del progetto, che è anche la principale forza trainante di questo lavoro. Stiamo interpretando i cambiamenti nell’espressione genica derivanti da diverse classi degli inibitori delle deacetilasi, in cellule di leiomiosarcoma, che stanno alla base degli esperimenti di RNA-seq menzionati in precedenza. Potremmo avere alcuni geni candidati interessanti, ma questo è un punto che dobbiamo approfondire. In generale, sembra che in questi giorni si stia assemblando un interessante articolo frutto della collaborazione tra wetlab e bioinformatica.

2020-12-23
Meeting online con i collaboratori di Udine

Nell'ultimo giorno lavorativo dell'anno siamo ancora completamente concentrati sul progetto EPIC con un altro meeting. Oggi abbiamo osservato i cambiamenti nell'espressione genica in comune tra i vari inibitori delle HDAC. È interessante vedere un cambiamento sostanziale dell'espressione genica già dopo 6 ore dall'inibizione. Forse i cambiamenti condivisi ci potranno portare a un primo semplice segnale identificativo dell'inibizione.

2020-12-11
Meeting online con i collaboratori di Udine

All'inizio di ottobre abbiamo ricevuto il nostro primo dataset di RNA-seq da Udine. Un paio di campioni sono stati risequenziati e ora li guardiamo più in dettaglio rispetto a quanto abbiamo potuto fare nel nostro workshop virtuale. Oggi compariamo due diversi approcci all'analisi dei dati di sequenziamento e ci accordiamo sui prossimi passaggi. Prima di Natale avremo un altro meeting per fare il punto sulle analisi.

2020-12-03
Secondo seminario virtuale tra tutti i partner

Oggi si è tenuto il secondo meeting tra tutti i partner di EPIC. Non c'è bisogno di dirlo, è stato ancora virtuale. Abbiamo seguito in tutto sette presentazioni nel corso di questo meeting durato quattro ore. È positivo vedere come i diversi filoni del progetto convergono nell'obiettivo generale di migliorare l'inibizione delle deacetilasi istoniche. La dott.ssa Kerschbamer ha riassunto il nostro lavoro di collaborazione con Salisburgo, per poi entrare nel dettaglio dell'analisi di RNA-seq, con cui ha indagato la risposta cellulare all'inibizione delle deacetilasi istoniche, utilizzando un dataset proveniente dal laboratorio di Udine.

2020-10-21
Meeting online con i collaboratori di Salisburgo

Nel nostro incontro mensile con i collaboratori di Salisburgo, abbiamo identificato un interessante piano sperimentale che può sfruttare i dati di siti di legame di fattori di trascrizione che abbiamo ottenuto di recente e di cui abbiamo discusso durante il meeting.

2020-10-08
Il primo dataset è arrivato

Abbiamo ricevuto il nostro primo dataset di sequenziamento del trascrittoma da parte dei collaboratori di Udine. I dati riguardano esperimenti con inibitori delle deacetilasi istoniche e il campionamento di RNA nelle cellule dopo 6 e 24 ore di trattamento.

2020-09-16
Meeting online con i collaboratori di Salisburgo

Via al prossimo giro di scambi scientifici con i collaboratori di Salisburgo. Questa volta la dott.ssa Kerschbamer ha presentato i primi test di un programma che individua i tipi di cellule del sistema immunitario presenti da RNA sequenziato da un mix di cellule, in questo caso abbiamo deciso di osservare campioni di tumore al colon-retto. Ha poi mostrato come possiamo usare il nostro pannello di geni del sistema immunitario nel restringere i risultati dell'analisi di espressione genica differenziale.

2020-08-05
Il poster è arrivato

Anche se molti di noi stanno lavorando da casa, ogni tanto passiamo nel nostro luogo di lavoro. Per coincidenza, oggi eravamo al lavoro ed è arrivato il nostro poster EPIC, fresco di stampa.

2020-08-05
Prossimo meeting online con i nostri collaboratori di Salisburgo

Il nostro scopo è di incontrare i collaboratori di Salisburgo una volta al mese. Nel meeting di follow-up di oggi la dott.ssa Kerschbamer ha presentato dati di espressione di geni del sistema immunitario di vari tipi di tumore.

2020-07-15
Intensificazione della collaborazione con Salisburgo

Dopo l'ultimo meeting con tutti i collaboratori, ci siamo resi conto che i partner di Salisburgo hanno qualche interessante domanda scientifica a cui noi a Bolzano possiamo aiutare a rispondere. Quindi oggi c'è stato il primo meeting tra Bolzano e Salisburgo, fortificando l'asse nord-sud della nostra rete. In questo meeting abbiamo stabilito un contatto più ravvicinato e iniziato a capire meglio i dettagli delle domande su cui i gruppi di Salisburgo stanno lavorando. La dottoressa Kerschbamer ha dato aggiornamenti sulla presentazione che aveva fatto due settimane prima durante il meeting con tutti i collaboratori.

2020-07-01
Primo meeting online di tutti i gruppi

Durante gli ultimi due mesi la scienza ha visto grandi cambiamenti. Molte conferenze si sono trasformate in eventi online, ed abbiamo visto che questo tipo di incontri funziona abbastanza bene. Sicuramente a tutti manca il contatto personale che di solito si sviluppa durante questi incontri, ma il contenuto scientifico rimane eccellente.

Lo stesso è successo alla nostra rete EPIC. Avevamo programmato un incontro a Trieste in giugno, ma è stato posticipato ed abbiamo avuto un meeting online usando la piattaforma Cisco WebEx (resa disponibile dai collaboratori di Salisburgo). Ogni collaboratore ha aggiornato gli altri e dopo un mese e mezzo, la dott.ssa Kerschbamer del nostro team EPIC di Bolzano ha presentato le prime analisi sui database pubblici di dati sul cancro.

2020-05-20
Udine riapre parzialmente i laboratori

Dopo più di due mesi di lockdown, i laboratori dei nostri collaboratori stanno lentamente riaprendo. Udine sta riaprendo il laboratorio con personale ridotto e lavorando a turni. Altri seguiranno questo modello.

2020-05-18
Benvenuta Dott.ssa Emanuela Kerschbamer

Il nostro bioinformatico per l'analisi dei dati è arrivato all'Eurac. Un caldo benvenuto a Emanuela Kerschbamer. La dott.ssa Kerschbamer si è formata sia in laboratorio che nelle analisi in silico. Ha studiato biologia e genomica funzionale a Bologna e Trieste e ha ottenuto il dottorato di ricerca dall' università di Padova lavorando al Centro Ricerca e Innovazione della Fondazione Edmund Mach a San Michele all'Adige. Inoltre è stata ospite nei laboratori di Parigi e Boston e dopo qualche anno di post'doc all'università di Trento, si è aggiunta all team EPIC a maggio 2020.

2020-03
SARS-CoV-2 colpisce EPIC

Il lockdown dovuto alla pandemia in espansione ha colpito anche il progetto EPIC. I laboratori sono stati chiusi e le persone stanno iniziando a lavorare in remoto. Molti ricercatori sperimentali nel mondo sono preoccupati che la ricerca si fermerà. Senza accesso ai laboratori, sarà difficile portare avanti gli esperimenti. Al momento possiamo recuperare la letteratura scientifica, pianificare i prossimi esperimenti e fare pratiche amministrative. Per noi bioinformatici è facile stare a casa a lavorare, ma senza ricevere dati dai laboratori, dobbiamo continuare a sfruttare le informazioni presenti in database esterni. Speriamo che i nostri biologi possano tornare presto in laboratorio.

2020-02-11
Il server è arrivato

Il nostro server di calcolo è arrivato. È il momento di configurarlo e fare qualche test. Vedremo come le pipeline delle analisi di sequenziamento lavorano su questa macchina.

2019-11-13
Primo incontro con l'amministrazione di Bolzano

Gli amministratori locali dei fondi di Bolzano hanno invitato tutti i capigruppo dei nuovi progetti Interreg nel loro ufficio. Abbiamo presentato una panoramica sul cancro e le acetilasi, deacetilasi istoniche e su come l'inibizione di queste potrebbe aiutare il sistema immunitario ad attaccare le cellule tumorali.

2019-10-21
Primo incontro a Udine

Il nostro principale collaboratore a Udine, Claudio Brancolini, ha invitato tutti i collaboratori ad un primo incontro. È stato bello vedere tutti i capigruppo e gli studenti coinvolti nella nostra rete di collaborazione. Ogni capogruppo ha presentato brevemente la propria area di competenza e come intende contribuire al progetto. Siamo anche stati informati su importanti questioni amministrative.

2019-10-14
Alla ricerca di un/a ricercatore/trice motivato per il team EPIC

Il progetto EPIC è iniziato alla fine di settembre. Tutti i laboratori stanno assumendo persone nuove e anche noi stiamo cercando un post-doc da aggiungere al nostro EPIC team. Controlla la nostra pagina "Jobs" per l'assunzione in corso.

Team del progetto
1 - 3

Projects

1 - 4
Project

EPICIR

Epigenetica dell'immunità nel cancro

Duration: September 2019 - October 2021Funding:
Italy-Austria 2014-2020 (EUTC / EU funding / Project)

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Istituto
Eurac Research logo

Eurac Research è un centro di ricerca privato con sede a Bolzano, Alto Adige. I nostri ricercatori provengono da una vasta gamma di discipline scientifiche e da tutte le parti del globo. Insieme si dedicano a quella che è la loro professione e vocazione – plasmare il futuro.

Cosa facciamo

La nostra ricerca affronta le maggiori sfide che ci attendono in futuro: le persone hanno bisogno di salute, energia, sistemi politici e sociali ben funzionanti e un ambiente intatto. Queste sono domande complesse e stiamo cercando le risposte nell'interazione tra molte discipline diverse. In tal modo, il nostro lavoro di ricerca abbraccia tre temi principali: le regioni adatte a vivere, la diversità come elemento di miglioramento della vita, una società sana.

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