EPIC

Epigenetik der Immunität bei Krebserkrankungen

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EPIC
  • Project duration: September 2019 - December 2022
  • Project status:
    Approval by the Scientific Committee
  • Funding:
    Italy-Austria 2014-2020 (EUTC / EU funding / Project)
  • Total project budget: 288.625,00 €


Krebs ist gekennzeichnet durch ein unkontrolliertes Zellwachstum, das sich auf gesundes Gewebe und Organe ausbreiten kann. Nur fünf bis zehn Prozent der Krebserkrankungen sind erblich bedingt, der Großteil wird zu Lebzeiten von äußeren Einflüssen wie Tabakkonsum, Ernährung, Infektionen oder Strahlung verursacht. Diese äußeren Faktoren können mitunter so genannte epigenetische Veränderungen bewirken. Diese Veränderungen können dazu führen, dass Krebszellen vom Immunsystem nicht mehr als solche erkennbar sind. Die Krebszellen „verstecken" sich also vor dem Immunsystem, das sie somit nicht mehr angreifen kann.


Jedoch sind einige dieser epigenetischen Veränderungen umkehrbar – und genau hier setzen die Forscher an. Mit Hilfe von hemmenden Wirkstoffen, auch Inhibitoren genannt, blockieren sie diese Veränderung und ermöglichen, dass wichtige deaktivierte Gene wieder ablesbar werden. Das Immunsystem soll sie dadurch wieder erkennen und entartete Zellen angreifen und entfernen.


Das im September 2019 gestartete Projekt „Epigenetics of Immunity in Cancer" (EPIC) konzentriert sich auf Histon-Deacetylase (HDAC)-Hemmer. Die Forschungsgruppe besteht aus Chemikern, Medizinern, Biologen und Bioinformatikern der Universitäten Udine, Salzburg und Triest sowie des Bozner Instituts für Biomedizin von Eurac Research. Das Team testet die HDAC-Hemmer in Krebszellen und erforscht, wie sie sich auf die weitere Entwicklung der Krebserkrankung auswirken. Die Universität Udine verwendet eine Reihe von HDAC-Wirkstoffen und testet ihre Hemmfähigkeit. In den Laboren von Triest werden vielversprechende Wirkstoffe mithilfe von Computermodellen optimiert und synthetisiert. Erfolgversprechende Hemmer werden an Zellmodellen hinsichtlich ihrer Wirkung auf Krebszellen und das Immunsystem in Salzburg getestet. Die von allen Partnern gewonnenen Daten gehen an die Bioinformatiker von Eurac Research, die mit der Auswertung betraut sind. Mithilfe modernster Sequenzierungsmethoden messen sie den Unterschied zwischen Krebszellen mit und ohne Inhibitoren: Welche Gene aktiv sind, wo sie aktiv sind und welche Auswirkungen die Wirkstoffe im menschlichen Organismus haben könnten. Die ermittelten Daten vergleichen die Forscher mit internationalen Datenbanken, um weitere Erkenntnisse zur Entwicklung von Krebserkrankungen zu erzielen. Auf diese Weise soll das dreijährige Forschungsprojekt die Grundlage für neue Fortschritte in der Immuntherapie bei Krebs schaffen. ​​

Partner
Universität Salzburg
University of Trieste
University of Udine

Finanzierung

Dieses Projekt wird durch den Europäischen Fonds für regionale Entwicklung und Interreg V-A Italia-Österreich 2014-2020 gefördert.

Neuigkeiten

2021-10-13
EPIC auf der NOI Projektmesse

Neugierig geworden? Ihr möchtet mehr wissen und mit uns reden? Die EFRE Jahresmesse am 22. Oktober ist die perfekte Gelegenheit uns zu treffen, wir befinden uns auf Stand 13. Bis bald.

2021-08-10
EPIC Projekt wird verlängert

Heute erhielten wir das OK unsere Interreg Fondsagentur: wir können das EPIC Projekt um neun Monate verlängern, das neue Ende ist nun der 31. Dezember 2022. Das sind grandiose Neuigkeiten und wir freuen uns darauf, die verlorene Zeit nachzuholen, die durch Schließungen und Verlangsamerungen während der Pandemie verlorengegangen ist.

2021-07-26
Einreichung unseres Manuskripts

Geschafft, wir haben das Manuskript zur Begutachtung eingeschickt. Es geht um die zelluläre Antwort auf verschiedene HDAC Inhibitoren unter dem Blickwinkel von RNA-seq, ChIP-seq, und weiteren chemischen Experimenten. Es ist ein sehr umfassende Arbeit, in der wir uns zum Schluß auf einen kleinen Inhibitor namens NKL54 spezialisiert haben. Daher haben wir uns entschlossen, die Publikationslatte hoch anzusetzen und schickten die Arbeit an das Journal Nucleic Acids Research (NAR). Daumen halten!

2021-07-19
Dritter virtueller Workshop mit allen Partnern

Heute fand unser dritter überregionaler Workshop statt. Die Projektpartner von Udine und Salzburg präsentierten deren Aktivitäten, aber leider war von Triest aufgrund von Krankheit niemand im Meeting vertreten. Wir wünschen gute Besserung und freuen uns auf einen Nachholtermin. Dr. Kerschbamer machte eine umfassende Präsentation ihrere Beiträge zum RNA-seq Manuskript sowie zwei weitere kleinere Projekte mit den Immunologen in Salzburg. Das Tolle war hier, daß das erstere das zweitere vorantrieb: die Einsichten vom RNA-seq Experiment wurden auf der immunologischen Seite angewandt!

2021-07-09
Ankündigung Herbstsymposium

Wir bereiten derzeit ein Onlinesymposium mit freiem Zugang vor. Das Symposium findet am 5. Oktober 2021 um 14:00 MEZ statt, es werden fünf Vorträge gehalten. Weitere Informationen kommen demnächst im Blog hier.

2021-05-28
Verwaltungsaufgaben

Die meisten stellen sich Wissenschafter als Leute vor Labortischen vor, die Experimenten nachgehen oder vor dem Computer theoretische Probleme zu lösen versuchen. Was auch meistens der Fall ist. Wissenschaft muß jedoch auch verwaltet werden. Planung, Koordination und Berichterstattungen an die Interessenträger sind die Aufgaben, die am (heimischen) Bürotisch zu erledigen sind. Da nun EPIC von Interreg V-A Italien-Österreich, einem regionalen EU Fonds, finanziert wird, gibt es selbstverständlich Interesse vonseiten dieser Behörde an unseren Aktivitäten. Schreitet das Projekt planmäßig voran? Ziehen die Partner alle am gleichen Strang? Wie wird das Budget verwendet? Alle sechs Monate werden daher von allen Projektpartnern (unter Koordination des Lead Partners in Udine) Fortschrittsberichte zur Evaluation an die regionalen Behörden gesendet. Und genau das ist unsere Tätigkeit am Ende Mai: wir erstatten einen formalen Fortschrittsbericht des EPIC Projekts.

2021-05-18
Alles Gute zum ersten Jahr, Emanuela!

Heute ist ein spezieller Tag: Dr. Kerschbamer startete genau vor einem Jahr im EPIC Projekt.

2021-02-04/02-23/04-01/04-16
Online Meetings mit unseren Partnern aus Udine

Zeit zum Schreiben einer Publikation. Wir hatten dieses Jahr bereits eine Folge von Onlinemeetings mit dem Lead Partner in Udine, welcher die treibende Kraft hinter dem Artikel ist. Wir interpretieren die Änderung der Genexpression in Leiomyosarkom-Zellen unter Einwirkung verschiedenen Klassen von HDAC Inhibitoren, was Gegenstand unserer vorigen RNA-seq Analysen war. Wir haben unter Umständen einige vielversprechende Genkandidaten, aber das müssen wir noch etwas vertiefen. Es schaut zumindest so aus, als hätten wir diese Tage eine spannende Labor/Bioinformatik-Publikation am Entstehen.

2020-12-23
Online Meeting mit unseren Partnern aus Udine

Letzter Arbeitstag in diesem Jahr und immer noch mitten im EPIC Projekt mit einem weiteren Meeting. Heute ging es viel um die Überlappungen in der Genexpression zwischen verschiedenen HDAC Inhibitoren. Es ist interessant, wie schnell sich die Genexpression nach nur 6 Stunden ab Inhibition ändert. Möglich, daß wir damit eine erste einfache HDACi Signatur finden können.

2020-12-11
Online Meeting mit unseren Partnern aus Udine

Anfang Oktober erhielten wir die ersten RNA-seq Daten aus Udine. Einige Proben mußten resequenziert werden, jetzt ist aber Zeit sich über den Datensatz mehr im Detail zu unterhalten, als es im virtuellen Workshop möglich war. Heute verglichen wir zwei ergänzende Ansätze, diese Daten zu analysieren and einigten uns auf die nächsten Schritte. Weiters soll es noch ein neues Treffen mit Udine vor Weihnachten geben.

2020-12-03
Zweiter virtueller Workshop mit allen Partnern

Heute gab es den zweiten Workshop mit allen Netzwerkpartnern, im virtuellen Raum natürlich. In Summe wurden sieben Vorträge während des vierstündigen Treffens präsentiert. Es ist schön zu sehen, wie die verschiedenen Projekte auf das übergeordnete Ziel der HDAC Inhibition konvergieren. Dr. Kerschbamer faßte die Ergebnisse unserer laufenden Zusammenarbeit mit den Salzburgern zusammen, um dann im Detail eine RNA-seq Analyse zu beschreiben, bei der sie die zelluläre Reaktion auf HDAC Inhibition eines von Udine generierten Datensatzes beschrieb.

2020-10-21
Online Meeting mit unseren Partnern aus Salzburg

Während unserem monatlichen Treffen mit den Partnern aus Salzburg entdeckten wir ein interessantes Experiment, mit dem wir unsere kürzlich durchgeführte Transkriptionsfaktoranalyse, die wir hier auch präsentierten, einbringen können.

2020-10-08
Der erste Datensatz ist angekommen

Aus Udine sind soeben die ersten Transkriptomdaten eingetroffen. Der Datensatz beinhaltet Experimente mit mehreren HDAC Inhibitoren und den Zustand der RNA Produktion nach 6 und 24 Stunden ab Inhibition.

2020-09-16
Online Meeting mit unseren Partnern aus Salzburg

Ab in die nächste Runde des wissenschaftlichen Austauschs mit unseren Laborpartnern aus Salzburg. Diesmal präsentierte Dr. Kerschbamer ihre Testläufe einer Software, die Immunzelltypen in einer Mixtur von RNA-sequenzierten Zellen erkennt und zuweist. In diesem Fall haben wir Darmkrebsproben genommen. Weiters demonstrierte sie, wie man unsere Liste von Immunsystemgenen verwenden kann, um damit die Resultate von differenziellen Genexpressionsdaten einzuschränken.

2020-08-05
Poster ist angekommen

Auch wenn die meisten von uns in deren Büros zuhause sind, sind wir auch von Zeit zu Zeit an unserem Arbeitsplatz an der Eurac. Am heutigen Tag waren wir in der Arbeit und zufälligerweise wurde auch unser EPIC Poster druckfrisch angeliefert.

2020-08-05
Nächstes online Meeting mit unseren Partnern aus Salzburg

Unser Ziel ist, sich monatlich mit unseren Netzwerkpartnern aus Salzburg zu treffen. Heute war der Tag des Nachfolgetreffens und Dr. Kerschbamer hielt einen Vortrag über Expression von Immunsystemgenen in diversen Gewebearten, die von Krebs befallen sind.

2020-07-15
Intensivierung der Zusammenarbeit mit Salzburg

Nach unserem letzten Treffen mit allen Partnern wurde uns bewußt, daß die Netzwerkpartner in Salzburg einige interessante wissenschaftliche Fragen haben, die wir hier in Bozen angehen können. Somit gab es heute das erste Online-Treffen zwischen Bozen und Salzburg, die Nord-Südachse des Netzwerks bekräftigend. In diesem Treffen vertieften wir unseren Kontakt und begannen besser zu verstehen, an welchen Problemen die Salzburger Gruppen derzeit arbeiten. Dr. Kerschbamer sprach über die Fortschritte in ihrer Arbeit seit dem Partnertreffen vor zwei Wochen.

2020-07-01
Erstes Onlinetreffen aller Gruppen

Die Wissenschaft hat in den letzten Monaten große Änderungen gesehen. Viele Konferenzen wurden zu Online-Ereignissen, und man konnte sehen, daß diese Art von Treffen durchaus gut funktionieren. Klarerweise vermissen wir alle den persönlichen Kontakt, den wir normalerweise bei solchen Treffen pflegen, aber der wissenschaftliche Inhalt bleibt weiterhin exzellent.

Das gleiche gilt auch für das EPIC Netzwerk. Wir planten ein Treffen in Triest im June, jedoch wurde dieses auf einen späteren Zeitpunkt verschoben. Stattdessen hielten wir das erste Onlinetreffen mit Ciscos WebEx Plattform ab (von unseren Partnern in Salzburg zur Verfügung gestellt). Wir erhielten Neuigkeiten über den Fortschritt, den unsere Partner machten und nach 1.5 Monaten seit Arbeitsantritt gab auch Dr. Kerschbamer eine Präsentation mit ersten Analysen von öffentlichen Krebsdatenbanken

2020-05-20
Udine öffnet teilweise die Labore

Nach mehr als zwei Monaten Lockdown öffnen nun langsam wieder die Labors. Udine ist dabei, die Labors mit weniger Personal und im Schichtbetrieb zu betreiben. Andere werden diesem Modell folgen.

2020-05-18
Willkommen Dr. Emanuela Kerschbamer

Unsere Bioinformatikerin für Datenanalysen ist auf der Eurac angekommen. Ein herzliches Willkommen an Emanuela Kerschbamer. Dr. Kerschbamer besticht durch Wissen sowohl im Labor wie auch am Computer. Sie studierte Biologie und funktionelle Genomik in Bologna und Triest, und erwarb ihren Doktortitel an der Uni Padua, als sie im Zentrum für Forschung und Innovation an der Edmund Mach Stiftung in San Michele (Adige) arbeitete. Sie war weiters als Gastforscherin in Paris und Boston tätig. Nachdem sie einige Jahre als Post-doc an der Uni Trento beschäftigt war, wechselte sie nun zum EPIC Team im Mai 2020.

2020-03
SARS-CoV-2 trifft EPIC

Der Lockdown bedingt durch die größer werdende Pandemie trifft auch das EPIC Projekt. Labors wurden geschlossen, das Personal beginnt von zuhause aus zu arbeiten. Viele experimentell orientierte Forscher sind besorgt, daß die Forschung zum Stillstand kommen wird. Ohne Zugang zu den Labors haben wir Schwierigkeiten, die Experimente voranzutreiben. Momentan können wir uns in Bezug auf die Fachliteratur auf Vordermann bringen, einige Planungen angehen und Verwaltungsaufgaben erledigen. Für uns Bioinformatiker ist es leicht, von zuhause aus zu arbeiten, aber ohne neue Daten aus dem Labor werden wir vorerst weiterhin mit Analysen von öffentlichen Datenbanken fortfahren. Hoffen wir, daß unsere Biologen in nicht allzulanger Zeit wieder zurück ins Labor können.

2020-02-11
Server ist angekommen

Unser Rechenserver ist angekommen. Zeit, ihn aufzusetzen und ein paar Tests darauf laufen zu lassen. Mal sehen, wie die Sequenzierpipelines auf dieser Maschine skalieren.

2019-11-13
Erstes Treffen mit der bozener Verwaltungsbehörde

Unsere hier in Bozen ansässige Fondsverwaltung hat alle neuen Forschungsleiter der Interreg-Projekte zu sich eingeladen. Wir gaben eine Überblick über Krebs und Histonacetylasen und -deacetylasen und wie deren Inhibition dem Immunsystem helfen kann, Krebszellen erneut zu attackieren.

2019-10-21
Gemeinsames Kennenlernen in Udine

Unser leitender Partner in Udine, Claudio Brancolini, hat alle Partner zu einem ersten Treffen nach Udine eingeladen. Es tat gut, alle diesem Netzwerk angehörigen Forschungsleiter und deren Studenten persönlich zu treffen. Jeder Forschungsleiter präsentierte sich und sein/ihr Forschungsgebiet, und wie man am Projekt beitragen wird. Wir wurden auch über einige wichtige administrative Punkte informiert.

2019-10-14
Auf der Suche nach einem/einer motivierten Forscher/in für das EPIC Team

Das EPIC Projekt startete mit Ende September. In allen Labors werden Leute angestellt, und wir sind ebenfalls auf der Suche nach einem Post-doc für unser EPIC Team, siehe unsere Jobseite für die Ausschreibung.

Projekt Team
1 - 3

Projects

1 - 4
Project

EPIC

Epigenetik der Immunität bei Krebserkrankungen

Duration: September 2019 - October 2021Funding:
Italy-Austria 2014-2020 (EUTC / EU funding / Project)

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Institut
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Eurac Research ist ein privates Forschungs-Zentrum mit Sitz in Bozen, Südtirol. Unsere Forscher kommen aus einer Vielzahl von wissenschaftlichen Bereichen und aus allen Teilen der Welt. Gemeinsam widmen sie sich dem, was ihr Beruf und ihre Berufung ist – die Zukunft gestalten.

Was wir tun

Unsere Forschung befasst sich mit den größten Herausforderungen, vor denen wir in Zukunft stehen: Menschen brauchen Gesundheit, Energie, gut funktionierende politische und soziale Systeme und ein intaktes Umfeld. Dies sind komplexe Fragen, und wir suchen nach Antworten in der Interaktion zwischen vielen verschiedenen Disziplinen. Unsere Forschungsarbeit umfasst dabei drei Hauptthemen: lebensfähige Regionen, Vielfalt als lebensförderndes Merkmal, eine gesunde Gesellschaft.

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