Istituto per lo studio delle mummie - Projects - ANCIENT PATHOGENS
ANCIENT PATHOGENS
Analisi molecolare del microbioma e di malattie infettive in reperti antichi umani - dalla diagnosi basata sulla “Capture-Sequencing” alla caratterizzazione metagenomica.
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- Italiano
- Project duration: -
- Project status: ongoing
- Funding: Internal funding EURAC (Project)
- Institute: Istituto per lo studio delle mummie
La caratterizzazione molecolare dei patogeni nei reperti antichi umani, costituisce un interessante ed innovativo campo di ricerca, contribuendo allo studio della storia e della evoluzione delle malattie infettive. L´analisi istologica e la caratterizzazione mediante PCR sono gli approcci diagnostici comunemente utilizzati. Le moderne tecniche "high-throughput sequencing” permettono di analizzare il DNA antico con metodiche innovative; ad esempio e`stato sequenziato il primo genoma completo dell`agente infettivo, Yersinia pestis, responsabile della “morte nera”. Tuttavia, in paleomicrobiologia si presentano non poche difficolta´metodologiche, come problemi di amplificazione, PCR, dovuti a DNA altamente degradati o lo sviluppo di sistemi bioinformatici per la valutazione di complessi dati metagenomici per patogeni antichi. Lo scopo di questo progetto sara´quello di migliorare l´individuazione mediante analisi del DNA dei patogeni in reperti antichi umani. Sara´possibile ottimizzare l´approccio diagnostico basato sull`amplificazione del DNA (PCR) grazie alla possibilita`offerta dall´EURAC, Istituto per le mummie e l` ìceman, di aver accesso ad una grande varieta´ di tessuti con possibili casi di infezione da tubercolosi, Brucellosi e malaria. Inoltre, in collaborazone con Vienna, sono in corso analisi dei dati ottenuti dall`Iceman con appoccio metagenomico , per definire una base informatica per la caratterizzazione de novo di patogeni , individuabili dai dataset metagenomici dei reperti antichi umani.
Maixner F (2023)
Salzburg: Naturwissenschaftliche Fakultät der Paris Lodron Universität Salzburg
Dissertazione di dottorato
Eichert S, Gamon M, Heiss AG, Kowarik K, Maixner F, Reschreiter H (2023)
Articolo su rivista
Natur historisches: Magazin des Naturhistorischen Museums Wien
Ulteriori informazioni: https://www.nhm-wien.ac.at/jart/prj3/nhm-resp/data/uploads/b ...
Maixner F, Drescher D, Boccalini G, Piombino-Mascali D, Janko M, Berens-Riha N, Kim BJ, Gamble M, Schatterny J, Morty RE, Ludwig M, Krause-Kyora B, Stark R, An HJ, Neumann J, Cipollini G, Grimm R, Kilian N, Zink A (2023)
Articolo su rivista
Emerging Infectious Diseases
Sarhan M, Wurst C, Tzankov A, Bircher AJ, Wittig H, Briellmann T, Augsburger M, Hotz G, Zink A, Maixner F (2023)
Articolo su rivista
BMC Biology
Maixner F, Jäger HY, Sarhan MS, Valverde G, Pap I, Szikossy I, Palfi G, Zink A (2022)
Presentazione
Conference: ICEPT-3, International Conference on the Evolution and Paleoepidemiology of Tuberculosis Szeged, Hungary | Szeged | 5.7.2022 - 7.7.2022
Zink A, Maixner F (2022)
Contributo in un libro
Osteologische Paläopathologie - Ein Handbuch für Anthropologen, Mediziner und Archäologen
Zink A, Maixner F (2022)
Presentazione
Conference: 15th ISGA Congress, 5th International Conference of Evolutionary Medicine, EAA - ISGA – ICEM | Vilnius | 24.8.2022 - 27.8.2022
Maixner F, Boccalini G, Piombino-Mascali D, Janko M, Berens-Riha N, Kim BJ, Gamble M, Krause-Kyora B, Drescher D, Kilian N, Stark R, An HJ, Neumann J, Cipollini G, Grimm R, Zink A (2022)
Presentazione
Conference: 10th World Congress on Mummy Studies | Bolzano | 5.9.2022 - 9.9.2022
Rudbeck E, Sarhan MS, Valverde G, Wurst C, Zink A, Maixner F (2022)
Presentazione
Conference: 10th World Congress on Mummy Studies | Bolzano | 5.9.2022 - 9.9.2022
Váradi O, Spekker O, Szikossy I, Szvák E, Rakk D, Terhes G, Pap I, Maixner F, Zink A, Vágvölgyi C, Donoghue H, Minnikin DE, Szekeres A, Pálfi G (2022)
Presentazione
Conference: 10th World Congress on Mummy Studies | Bolzano | 5.9.2022 - 9.9.2022
Sarhan MS, Samadelli M, Hotz G, Francken M, Zink A, Maixner F (2022)
Presentazione
Conference: 10th World Congress on Mummy Studies | Bolzano | 5.9.2022 - 9.9.2022
Maixner F, Mitterer C, Jäger HY, Sarhan MS, Valverde G, Lücker S, Piombino-Mascali D, Szikossy I, Molnár E, Pálfi G, Pap I, Cipollini G, Zink A (2022)
Articolo su rivista
Methods in Ecology and Evolution
Ulteriori informazioni: https://besjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/2041 ...
Zink A, Maixner F (2022)
Contributo in un libro
Osteologische Paläopathologie - Ein Handbuch für Anthropologen, Mediziner und Archäologen
Maixner F, Sarhan MS, Huang KD, Tett A, Schoenafinger A, Zingale S, Blanco-Míguez A, Manghi P, Cemper-Kiesslich J, Rosendahl W, Kusebauch U, Morrone SR, Hoopmann MR, Rota-Stabelli O, Rattei T, Moritz RL, Oeggl K, Segata N, Zink A, Reschreiter H, Kowarik K (2021)
Presentazione
Conference: ISBA9| 9TH INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON BIOMOLECULAR ARCHAEOLOGY | Toulouse : 1.6.2021 - 4.6.2021
Sarhan M, Lehmkuhl A, Wieland G, Franken M, Zink A, Maixner F (2021)
Presentazione
Conference: Bioinformatics Virtual Coordination Network Virtual Conference| Holistic Bioinformatic Approaches used in Microbiome Research | : 7.6.2021 - 11.6.2021
Sarhan MS, Lehmkuhl A, Straub R, Tett A, Wieland G, Francken M, Zink A, Maixner F (2021)
Articolo su rivista
iScience
Maixner F, Gresky J, Zink A (2021)
Articolo su rivista
International Journal of Paleopathology
Ulteriori informazioni: https://doi.org/10.1016/j.ijpp.2021.04.009
Váradi OA, Rakk D, Spekker O, Terhes G, Urbán E, Berthon W, Pap I, Szikossy I, Maixner F, Zink A, Vágvólgyi C, Donoghue H, Minnikin D, Szekeres A, Pálfi G (2021)
Articolo su rivista
Tuberculosis
Ulteriori informazioni: https://doi.org/10.1016/j.tube.2020.102037
Wibowo MC, Yang Z, Borry M, Hübner A, Huang KD, Tierney BT, Zimmerman S, Barajas-Olmos F, Contreras-Cubas C, García-Ortiz H, Martínez-Hernández A, Luber JM, Kirstahler P, Blohm T, Smiley FE, Arnold R, Ballal SA, Pamp SJ, Russ J, Maixner F, Rota-Stabelli O, Segata N, Reinhard K, Orozco L, Warinner C, Snow M, LeBlanc S, Kostic AD (2021)
Articolo su rivista
Nature
Ulteriori informazioni: https://www.nature.com/articles/s41586-021-03532-0
Maixner F, Sarhan MS, Wurst C, Zink A (2021)
Contributo in un libro
Anna Catharina Bischoff. Die Mumie aus der Barfüsserkirche: Rekonstruktion einer Basler Frauenbiografie des 18. Jahrhunderts
Loufouma Mbouaka A, Gamble M, Wurst C, Jäger HY, Maixner F, Zink A, Noedl H, Binder M (2021)
Articolo su rivista
Archaeological and Anthropological Sciences
Ulteriori informazioni: https://doi.org/10.1007/s12520-021-01350-z
Maixner F, Sarhan MS, Huang KD, Tett A, Schoenafinger A, Zingale S, Blanco-Mıguez A, Manghi P, Cemper-Kiesslich J, Rosendahl W, Kusebauch U, Morrone SR, Hoopmann MR, Rota-Stabelli O, Rattei T, Moritz RL, Oeggl K, Segata N, Zink A, Reschreiter H, Kowarik K (2021)
Articolo su rivista
Current Biology
Ulteriori informazioni: https://doi.org/10.1016/j.cub.2021.09.031
Karcher N, Pasolli E, Asnicar F, Huang K, Tett A, Manara S, Armanini F, Bain D, Duncan SH, Louis P, Zolfo M, Manghi P, Raffaetà R, Rota-Stabelli O, Collado MC, Zeller G, Falush D, Maixner F, Walker AW, Huttenhower C, Segata N (2020)
Articolo su rivista
Genome Biology
Váradia OA, Szikossy I, Spekkera O, Rakk D, Terhes G, Urbán E, Berthon W, Pap I, Maixner F, Zink A, Vágvölgyi C, Donoghue HD, Minnikin DE, Pálfi´G, Szekeres A (2020)
Articolo su rivista
Acta Biologica Szegediensis
Ulteriori informazioni: http://abs.bibl.u-szeged.hu/index.php/abs
Tett A, Huang KD, Asnicar F, Fehlner-Peach H, Pasolli E, Karcher N, Armanini F, Manghi P, Bonham K, Zolfo M, De Filippis F, Magnabosco C, Bonneau R, Lusingu R, Amuasi J, Reinhard K, Rattei T, Boulund F, Engstrand L, Zink A, Collado MC, Littman DR, Eibach D, Ercolini D, Rota-Stabelli O, Huttenhower C, Maixner F, Segata N (2019)
Articolo su rivista
Cell Host & Microbe
Maixner F (2019)
Articolo su rivista
mSystems
Maixner F, Thorell K, Granehäll L, Linz B, Moodley Y, Rattei T, Engstrand L, Zink A (2019)
Articolo su rivista
World Journal of Gastroenterology
Ulteriori informazioni: https://www.wjgnet.com/1007-9327/full/v25/i42/6289.htm
Maixner F, Turaev D, Cazenave-Gassiot A, Janko M, Krause-Kyora B, Hoopmann MR, Kusebauch U, Sartain M, Guerriero G, O'Sullivan N, Teasdale M, Cipollini G, Paladin A, Mattiangeli V, Samadelli M, Putzer A, Tecchiati U, Meissen J, Palazoglu M, Rausch P, Lösch S, Kim BJ, Baines JF, Gostner P, An HJ, Malfertheiner P, Egarter-Vigl E, Stark RW, Keller A, Bishop D, Wenk M, Engstrand L, Moritz RL, Bradley DG, Fiehn O, Nebel A, Oeggl K, Doble P, Franke A, Rattei T, Grimm R, Zink A (2018)
Articolo su rivista
Current Biology
Lee EJ, Maixner F, Zink A (2018)
Articolo su rivista
Analytical Science & Technology
Keller A, Kreis S, Leidinger P, Maixner F, Ludwig N, Backes C, Galata V, Guerriero G, Fehlmann T, Franke A, Meder B, Zink A, Meese E (2017)
Articolo su rivista
Molecular Biology and Evolution
Cooper C, Fellner R, Heubi O, Maixner F, Zink A, Lösch S (2016)
Articolo su rivista
Swiss Medical Weekly
Maixner F, Krause-Kyora B, Turaev D, Herbig A, Hoopmann MR, Hallows JL, Kusebauch U, Vigl EE, Malfertheiner P, Megraud F, O'Sullivan N, Cipollini G, Coia V, Samadelli M, Engstrand L, Linz B, Moritz RL, Grimm R, Krause J, Nebel A, Moodley Y, Rattei T, Zink A (2016)
Articolo su rivista
Science
