Das Thema der grenzüberschreitenden Zusammenarbeit ist mit Blick auf die lokale Autonomie von herausragender Bedeutung und daher bereits seit Gründung des Instituts einer der wissenschaftlichen Schwerpunkte. Als 2006 das europäische Rechtsinstrument des Europäischen Verbunds für territoriale Zusammenarbeit (EVTZ) eingeführt wurde, war dies der Startpunkt für die Europaregion Tirol-Südtirol-Trentino. Deren Entwicklung begleitet das Institut wissenschaftlich und in gemeinsamen angewandten Projekten, bereits seit der Gründung im Jahr 2011 und bis hin zu den jüngsten Reformvorschlägen des EuregioLabs 2020.

Der Blick reicht weit über die lokale Realität hinaus und analysiert rechtsvergleichend ähnlich gelagerte Europaregionen miteinander, etwa unter dem Aspekt der Wissenschaftskooperation oder den grenzüberschreitenden Formen von direkter oder partizipativer Demokratie. Ein jüngster Schwerpunkt infolge der Covid-19 Pandemie liegt auf der grenzüberschreitenden Kooperation in Gesundheitsfragen.