“Non stavamo cercando specificatamente questo agente patogeno”, sottolinea Frank Maixner, direttore dell’Istituto per lo studio delle mummie di Eurac Research: “Quando effettuiamo analisi genetiche sulle mummie, utilizziamo un approccio esteso, analizzando non solo il materiale genetico umano ma anche quello dei numerosi microrganismi presenti nei resti umani”. Tra le tracce di DNA batterico rinvenute nel dente, i ricercatori hanno riscontrato frequentemente Streptococcus pyogenes. Poiché questo patogeno è ancora oggi di notevole rilevanza medica – con un aumento dei casi di scarlattina a livello globale – il team ha analizzato questo materiale genetico in modo più approfondito. Per ricostruire il genoma risalente a diverse centinaia di anni fa, i ricercatori hanno utilizzato l’assemblaggio de novo, un metodo consolidato della moderna ricerca genomica che l’Istituto per lo studio delle mummie ha ulteriormente sviluppato specificatamente per il DNA antico altamente frammentato. Questo metodo consente di ricostruire un genoma a partire da numerosi frammenti di DNA senza un genoma di riferimento come modello. “Si può paragonarlo alla ricostruzione di un puzzle senza conoscerne l’immagine sulla scatola”, spiega il microbiologo Mohamed Sarhan di Eurac Research, co-primo autore dell’articolo insieme al biochimico boliviano Guido Valverde. “Per la ricostruzione di genomi antichi questo metodo presenta un grande vantaggio: non siamo influenzati dai riferimenti odierni – lavoriamo senza preconcetti. In questo modo possiamo scoprire cose davvero nuove e individuare anche varianti genetiche che oggi potrebbero non esistere più, ad esempio ceppi batterici estinti”. Per il settore della ricerca, questa possibilità rappresenta “l’inizio di una nuova era”, aggiunge Maixner. Considerata la sua età, il DNA del batterio era relativamente ben conservato, cosa che i ricercatori attribuiscono alle condizioni di aridità e freddo dell’altopiano boliviano: questo clima ha favorito anche la mummificazione naturale del cranio. La datazione al radiocarbonio lo colloca nel periodo intermedio recente (1100-1450 aC) e, secondo le analisi genetiche, apparterrebbe a un giovane di origine indigena. Come molte mummie del museo, è probabilmente stato trovato in una delle tipiche torri funerarie dell’altopiano boliviano, le chullpas. “Il buono stato di conservazione del DNA ci ha permesso di ricostruire un genoma quasi completo, fornendoci molte informazioni”, spiega Valverde. “Dimostra, ad esempio, che il batterio era già in grado di causare malattie: l’antico ceppo possedeva infatti molti, anche se non tutti, geni patogeni dei moderni ceppi di Streptococcus pyogenes”. Il batterio era particolarmente simile ai ceppi odierni, che causano soprattutto infezioni della gola.

In una ricerca mirata in altre banche dati di DNA antico accessibili al pubblico, i ricercatori hanno individuato lo Streptococcus pyogenes in 35 campioni provenienti da individui vissuti in Europa circa 4.000 anni fa e una specie di Streptococcus strettamente correlata in resti di gorilla africani risalenti a 200 anni fa, dimostrando che il patogeno era già presente in campioni antichi ma era stato ignorato per anni. Le analisi genetiche dei ricercatori indicano inoltre che le linee evolutive della maggior parte dei ceppi odierni di Streptococcus pyogenes si sono ramificate circa 5.000 anni fa, in un’epoca in cui gli esseri umani stavano diventando sempre più sedentari e vivevano a stretto contatto. Ciò potrebbe aver favorito la propagazione e la diversificazione dell’agente patogeno, che si diffonde principalmente attraverso infezioni da goccioline e per contatto.

Lo studio fa parte di un ampio progetto interdisciplinare che, per la prima volta, sottopone la collezione di mummie del Museo nazionale di archeologia della Bolivia (MUNARQ) a un’analisi bioarcheologica sistematica. È disponibile gratuitamente al link: https://www.nature.com/articles/s41467-026-71603-9