MULTI-FINELD2

Gli studi di associazione genome-wide (GWAS) hanno identificato innumerevoli loci genetici associati a centinaia di tratti di salute, ma la mappatura fine di questi loci per individuare le varianti causali rimane una sfida a causa dei limiti computazionali delle metodologie esistenti. Il progetto MULTI-FINELD2 implementerà soluzioni matematiche innovative per alleggerire la stima della matrice di linkage disequilibrium (LD), consentendo l'utilizzo di metodi di mappatura fine per sfruttare i dati di sequenziamento dell'intero genoma (WGS) attraverso diverse ascendenze. Ciò aumenterà la copertura genomica rispetto agli attuali GWAS e consentirà di estendere per la prima volta gli studi genetici a più di due ascendenze, migliorando la precisione della mappatura fine. Strutturato intorno a due obiettivi specifici, MULTI-FINELD2 si propone di: 1) sviluppare metodi per la costruzione di matrici LD a bassa dimensione, riducendo i costi computazionali; 2) innestare la matrice LD a bassa dimensione in metodi di mappatura fine all'avanguardia, utilizzando statistiche di sintesi di studi di associazione WGS di diverse ascendenze. Il metodo sarà sviluppato e testato su dati di biobanche di grandi dimensioni e pubblicamente disponibili, come la UK Biobank, All of Us e il Tehran Cardiometabolic Genetic Study, che comprendono centinaia di migliaia di partecipanti di cinque ascendenze. Il progetto si avvarrà: della mia esperienza nei metodi statistici avanzati in genomica; dell'esperienza e dell'ampia rete del dottor C. Pattaro, capogruppo di Biostatistica ed Epidemiologia presso l'Istituto di Ricerca in Biomedicina dell'Eurac (Italia), leader di un consorzio genetico internazionale e di uno studio nazionale basato su un'ampia popolazione; di un distaccamento per incorporare il metodo di calcolo in moderni sistemi di gestione del flusso di lavoro presso l'Istituto di Epidemiologia Genetica dell'Università di Medicina di Innsbruck, dove sono state recentemente sviluppate le pipeline Nextflow per analisi veloci dell'intero genoma. Promuoverò il metodo attraverso un ampio piano di divulgazione, sviluppato in seguito all'espressione di interesse da parte di numerosi consorzi genomici accademici e industrie.