NGS ARCHAEOLOGY

Scopo di questo progetto è quello di ottenere informazioni di carattere biologico su reperti archeologici attraverso l’uso di tecnologie avanzate (NGS next generation sequencing). Sarebbe infatti impensabile riuscire a trarre informazioni di questo tipo utilizzando un approccio più tradizionale, ovvero su base PCR. Nell’ambito della bio-archeologia, il DNA antico viene sequenziato tramite l’utilizzo di tecniche in continua evoluzione. Per esempio, nell’indagine di campioni di patogeni, sia moderni che antichi, la sequenza IS6110 viene spesso amplificata su base PCR, in tal caso la dimensione dei frammenti diviene cruciale per l’identificazione del ceppo dei mico-batteri. Sfortunatamente però, il DNA antico si presenta solitamente troppo frammentato e/o degradato, perfino in zone di tessuto ove sono presenti lesioni. D’altro canto, utilizzando WGS (whole genome amplification) e NGS è possibile sequenziare quasi senza margine di errore tutto il DNA mico-batterico presente nei campioni d’indagine ed al tempo stesso identificare la presenza di specifici genotipi di patogeni. Durante l’ultimo decennio, le tecnologie computistiche e sequenziali si sono perfezionate talmente, da rendere lo studio del DNA antico non solo possibile in tempi rapidi, ma anche economicamente affrontabile. Inoltre l’uso di HTS (high throughput sequencing) conferisce una valenza statistica ai dati ottenuti, consentendo in tal modo di stimare piuttosto accuratamente il livello di contaminazione, degrado e perfino l’età del DNA. Effetto di ciò è l’ampliamento della gamma di campioni archeologici, che possono essere analizzati. Questo progetto prevede tre tipi di analisi parallelamente: lo studio dell’abbigliamento dell’Iceman; lo studio metagenomico di un calcolo estratto da un dente e l’analisi genetica della popolazione di un antica necropoli del sud della Germania.