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Überwachung der Sars-CoV2-Mutationen

Eurac Research unterstützt den Südtiroler Sanitätsbetrieb beim Sequenzieren des Virus-Genoms

24 February 2021

Mitte Januar 2021 stehen die Gesundheitsbehörden vor einer neuen Herausforderung, die ihnen die Pandemie beschert: der zunehmenden und schnellen Ausbreitung neuer Virus-Mutationen.

Das nationale Gesundheitsinstitut (Istituto Superiore di Sanità ISS) in Rom hat die Regionen mit der Überwachung der Mutationen beauftragt und sie angewiesen, Abstriche von Corona-Patienten in Italien auf mutierte Stämme hin zu analysieren. In Südtirol ist es das Labor für Mikrobiologie und Virologie des Sanitätsbetriebs, das die Sequenzierungen koordiniert. Die Labore des Instituts für Biomedizin von Eurac Research sind grundsätzlich für diese Art von Analysen ausgestattet – seit Jahren wird hier das menschliche Genom sequenziert. Um die Sequenzierung der Sars-CoV2-Proben durchzuführen, wurden dem Südtiroler Sanitätsbetrieb die notwendigen Technologien wie das so genannte Next Generation Sequencing zur Verfügung gestellt. Allerdings erfordert diese Form der Sequenzierung eine aufwändige Planung und Vorbereitung. Denn es wird das gesamte Sars-CoV2-Genom sequenziert – ein anderes Verfahren als jenes, das an den Abstrichen normalerweise durchgeführt wird: Während es bei den üblichen Abstrichanalysen darum geht, „Fragmente“ des Sars-CoV2-Genmaterials aufzuspüren und anhand der vorhandenen Menge festzustellen, ob das Virus vorhanden ist, wird bei der Sequenzierung das gesamte Genom des Virus aus der Abstrich-Probe „gelesen“, um mögliche Unterschiede und Varianten zu identifizieren. Dies ist sehr zeitaufwendig und bedarf spezieller zusätzlicher Technologien im Vergleich zur üblichen molekularen Analyse der Abstriche. In der zweiten Märzwoche beginnt ein Team des Instituts für Biomedizin mit der Analyse der ersten Proben, die vom Sanitätsbetrieb ausgewählt werden. So soll zunächst das genetische Material von etwa 50 Proben pro Monat analysiert werden; nach einer anfänglichen Aufbauphase soll die Analysekapazität erweitert werden, um bis zu 200 Proben pro Monat zu bearbeiten.

Diese neue Form der Zusammenarbeit ist kennzeichnend für ein Jahr, in dem – geprägt von Ausnahmesituationen – immer wieder neue Analyse-Instrumente und technische Ausrüstungen rasch angeschafft werden mussten, um Situationen zu bewältigen, die den gewöhnlichen Arbeitsalltag im Gesundheitswesen bei weitem überstiegen. Eurac Research arbeitet seit Beginn der Pandemie Seite an Seite mit dem Südtiroler Sanitätsbetrieb zusammen und unterstützt ihn mit logistischem und wissenschaftlichem Know-how, sowie mit technologischer Ausrüstung und mit Fachpersonal. So wurden dem Krankenhaus Bozen in den ersten Wochen der Corona-Krise Labormaterialien und Instrumente sowie Labormitarbeiter zur Verfügung gestellt. Um die Analyse der vielen notwendigen molekularen Abstriche voranzutreiben, stellte das Institut für Biomedizin dem Labor für Mikrobiologie und Virologie einen automatischen Extraktor zur Verfügung, mit dem 96 Proben auf einmal rasch analysiert werden konnten. Zudem stellte Eurac Research zu Beginn des Jahres drei Minus-80-Grad-Gefrierschränke zur Lagerung der ersten RNA-Impfstoffe bereit.

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