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Monitoraggio delle mutazioni di SARS-CoV-2

Eurac Research supporta l’Azienda sanitaria nel sequenziamento del genoma del virus

24 February 2021

Verso la metà di gennaio 2021 le autorità sanitarie nazionali e locali si sono trovate a fronteggiare una nuova fase della pandemia: la crescente diffusione delle nuove mutazioni del virus.

L’Istituto superiore di sanità sta coordinando le regioni affinché analizzino il genoma di SARS-CoV-2 in una parte dei tamponi effettuati sul territorio italiano, al fine di tracciare e individuare i ceppi mutanti. Questo tipo di monitoraggio su SARS-CoV-2 prevede il sequenziamento dell’intero genoma virale, un processo differente dall’analisi molecolare effettuata abitualmente sui tamponi. Normalmente con un tampone si cerca la presenza del virus attraverso l’identificazione e la quantificazione di specifici frammenti di materiale genetico di SARS-CoV-2. Il sequenziamento, invece, prevede la lettura dell’intero genoma virale per individuare possibili differenze e varianti. Questa tecnica impiega tempi e tecnologie più complesse rispetto all’analisi molecolare dei tamponi. Per rispondere alla necessità dell’Istituto superiore di sanità di analizzare le varianti è stato interpellato anche il Laboratorio di microbiologia e virologia dell’Azienda sanitaria dell’Alto Adige. I laboratori di Eurac Research sono attrezzati per questo tipo di analisi perché da anni si occupano di sequenziamento del genoma umano. Dispongono anche della tecnologia denominata Next Generation Sequencing (NGS) che è stata messa a disposizione dell’Azienda sanitaria per avviare in tempi rapidi anche il sequenziamento dei primi campioni in cui è stata riscontrata la presenza di SARS-CoV-2. La progettazione di questa particolare iniziativa – che si discosta dalle attività standard – ha richiesto una pianificazione sperimentale e un’accurata preparazione dei materiali coordinata dal personale scientifico dell’Istituto di biomedicina di Eurac Research. Conclusa la fase di allestimento, si partirà dalla seconda settimana di marzo con l’analisi di un primo slot di campioni selezionati dall’Azienda sanitaria. Inizialmente si analizzerà il materiale genetico di circa 50 campioni al mese; dopo una prima fase di messa a punto, la capacità di analisi potrà essere ottimizzata per processare fino a 200 campioni al mese. Questa nuova forma di collaborazione si inserisce in un anno in cui la gestione dell’emergenza sanitaria ha richiesto di dotarsi improvvisamente di molti materiali e strumentazioni per fronteggiare necessità differenti dall’ordinaria attività sanitaria.

Fin dall'inizio della pandemia Eurac Research ha collaborato con l’Azienda sanitaria offrendo supporto logistico e scientifico, mettendo a disposizione attrezzature e personale specializzato. Nelle prime settimane di emergenza, a marzo 2020, sono stati messi a disposizione dell'Ospedale di Bolzano materiali e strumentazione da laboratorio, nonché il personale dei laboratori. Per agevolare l’analisi dei numerosi tamponi molecolari l'Istituto di biomedicina ha temporaneamente destinato al Laboratorio di microbiologia e virologia dell’Azienda sanitaria anche un estrattore automatico per processare rapidamente 96 campioni alla volta. A inizio 2021 inoltre, sono stati forniti tre congelatori che raffreddano fino a -80 gradi per la conservazione dei nuovi vaccini a RNA, agevolando lo stoccaggio delle prime forniture vaccinali.

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